Entre 1940 e 1981, a caça à baleia era uma prática corrente no arquipélago da Madeira exportando os seus produtos para os Estados Unidos da América, Inglaterra e França.

Após o encerramento desta actividade, a Madeira voltou-se para a conservação destes animais e em 1986 através do Decreto Legislativo Regional Nº6/86/M este arquipélago tornou-se um reduto para os mamíferos marinhos incluindo o Lobo Marinho (Monachus monachus).

Actualmente o Museu da Baleia na vila do Caniçal é a instituição que se dedica à preservação da memória da caça à baleia mas é também o principal motor da investigação científica de Cetáceos nesta Região. Iniciativas como o "Projecto para a Conservação dos Cetáceos no arquipélago da Madeira" contribuem muito para o conhecimento e conservação destes belos mamíferos.

Este arquipélago é visitado frequentemente por diversas espécies de Cetáceos durante todo o ano sendo ideal para os admiradores destes animais. A actividade de Observação de Cetáceos é exercida por diversas empresas que, através de vários percursos marítimos, permitem observar estes animais no seu meio natural. Associados a esta actividade estão também o Dolphin Watching (observação de golfinhos) e o Bird Watching (observação de aves), sendo possível observar Lobos Marinhos (Monachus monachus) em algumas viagens às Ilhas Desertas.

Nos mares da Madeira, é possível avistar espécies de pequeno porte como o Golfinho Pintado (Stenella frontalis) ou Golfinho Comum (Delphinus delphis) e espécies de grande porte como a Baleia Comum (Balaenoptera physalus) e o Cachalote (Physeter macrocephalus). Para além destes mamíferos, observam-se regularmente tartarugas marinhas como a Caretta caretta.